Das Bayerische Staatsorchester ist aus einem der ältesten Orchester Deutschlands hervorgegangen. Seine Keimzellen lassen sich bis in das Jahr 1523 zurückverfolgen, als der Komponist Ludwig Senfl die Leitung über die Münchner Kantorei übernahm. Der erste berühmte Leiter der Münchner Hofmusik und damit der Hofkapelle war der Komponist Orlando di Lasso, der 1563 offiziell während der Regierungszeit Herzog Albrechts V. angestellt wurde. 1594 gründete der Herzog ein Studienseminar mit Freistatt für begabte Söhne aus unbemittelten Bauern- und Bürgerfamilien, um den Nachwuchs für die Hofkapelle zu sichern. Nach dem Tode Lassos 1594 übernahm der bisherige Unterkapellmeister Johannes de Fossa die Leitung der Hofkapelle.

Nachdem über 100 Jahre lang das Repertoire des Orchesters von Kirchenmusik geprägt worden war, fand 1653 in der Residenz mit Maccionis L'Arpa festante die erste Opernaufführung in München statt. Der Komponist Agostino Steffani machte sich in den 80er Jahren des 17. Jahrhunderts um zahlreiche Aufführungen von italienischen Opern verdient.

Erst 1762 wird der Begriff Orchesters eingeführt. Durch zahlreiche Opernaufführungen an festgesetzten Tagen begann Mitte der 70er Jahre des 18. Jahrhunderts erstmals ein regelmäßiger Operndienst des Hoforchesters, geleitet von Andrea Bernasconi. 1778 trat der Mannheimer Kurfürst Karl Theodor sein Regierungserbe in München an. Er brachte 33 Musiker des Mannheimer Hofmusikstabes nach München mit. Am 1. Oktober 1778 fand die Vereinigung der Mannheimer Musiker mit 32 ausgewählten Mitgliedern der Münchner Hofmusik statt.

Im Jahre 1811 wurde die Musikalische Akademie gegründet, die sich aus Mitgliedern des Hoforchesters zusammensetzte.

Noch während der Regierungszeit König Max' I. umfaßte der Dienst des Hoforchesters gleichermaßen die Bereiche Kirche, Tafel, Kammer und Theater. Unter König Ludwig I. konnte 1836 Franz Lachner als erster Generalmusikdirektor gewonnen werden.

Die Regierungszeit König Ludwigs II. ist eng mit dem Namen Richard Wagners verknüpft. Am 10. Juni 1865 dirigierte der Hofkapellmeister Hans von Bülow die Uraufführung von Tristan und Isolde, am 21. Juni 1868 die der Meistersinger von Nürnberg. Es folgten am 22. September 1869 und am 26. Juni 1870 die Uraufführungen von Das Rheingold und Die Walküre unter der Leitung von Franz Wüllner.

Von 1872 bis 1896 war Hermann Levi Generalmusikdirektor. Seitdem haben die bedeutendsten Dirigenten ihrer Zeit von Richard Strauss, Felix Mottl, über Bruno Walter, Hans Knappertsbusch, Clemens Krauss bis zu Georg Solti, Ferenc Fricsay, Joseph Keilberth und Wolfgang Sawallisch dem Orchester als Chef vorgestanden. Sein Leiter und Bayerischer Generalmusikdirektor war von 1998 bis 2006 Zubin Mehta. Mit der Spielzeit 2006/2007 hat Kent Nagano als Bayerischer Generalmusikdirektor Zubin Mehtas Nachfolge angetreten.

Das Bayerische Staatsorchester ist das einzige Orchester Münchens, das in Oper und Konzert Dienst tut. Unter seinen Gastdirigenten fehlt kein berühmter Name der internationalen Elite.